Le service du contrôle de gestion est chargé du suivi des crédits de rémunération et des emplois de Budgets opérationnels de programme académiques (BOPA) et régional en ce qui concerne les moyens des services déconcentrés (BOP régional "soutien de la politique de l'éducation nationale"). Il conçoit et développe des outils d'aide au pilotage (tableaux de bord, indicateurs...) pour produire des analyses prospectives aux responsables académiques ou accompagner les services dans les travaux de préparation de rentrée.